Se rakennettiin sotalinnoitukseksi, koska tuolloin Venäjä oli Suuren Pohjan sodassa Ruotsia vastaan. Saari sijaitsi erittäin mukavasti Neva-joen suulla ja se auttoi hallitsemaan saapuvia aluksia Suomenlahdesta. Ensimmäinen linnoitus tehtiin maasta, mutta useiden tulvien jälkeen tsaari Pietari Suuri päätti rakentaa kivilinnoituksen.
Ranskalainen insinööri Joseph-Gaspard Lambert de Guerin loi linnoituksen alkuperäisen suunnitelman.
Historiallisten asiakirjojen mukaan linnan rakentamiseen osallistui 20 tuhatta ihmistä, mukaan lukien vangitut ruotsalaiset sotilaat, venäläiset talonpojat, tatarit, kalmukit ja muiden kansallisuuksien edustajat. Vuonna 1706 rakennettiin ensimmäinen kivilinnoitus kuudella puisella bastionilla. Pietari Suuri kutsui kuuluisan arkkitehdin Domenico Trezzinin johtamaan rakentamista. Seinien leveys oli 5-6 metriä ja niiden korkeus oli 12 metriä. Jokainen bastioni oli varustettu 50-60 tykillä. Nykyään linnoitus on Euroopassa ainoa säilynyt linnoitettu rakenne, joka on rakennettu tiukasti bastionijärjestelmän mukaisesti.
Pietarin ja Paavalin linnoituksen Naryshkin-bastionista on ammuttu keskipäivän laukausta 1800-luvun alusta. Jokainen kaupungin elämän merkittävä tapahtuma oli merkitty tietyllä määrällä linnoituksen seinistä tehdyillä laukauksilla, esimerkiksi: työvuoron alkaminen tai päättyminen, tai ilmoitettu tulvavaarasta tai kunniavieraiden vastaanottamisesta. Vanha perinne - ampua keskipäivän laukausta - on taas olemassa.
Linnoitusta käytettiin kaupungin varuskunnan tukikohtana ja myös jalo- ja poliittisten vankien vankilana.
Pietarin ja Paavalin linnoituksessa pidettiin ns. Prinsessa Tarakanovaa, joka piti Itseään keisarinna Elizabeth Petrovnan tyttärenä ja vaati Venäjän valtaistuinta. Hän kuoli linnoituksessa. Jotkut museon kävijät väittävät, että hänen haamu yhä vielä elää linnoituksessa.
Vuonna 1849 kuuluisa kirjailija Fjodor Dostojevski vietti kahdeksan kuukautta Pietarin ja Paavalin linnoituksessa, missä hänet vangittiin poliittisen salaliiton vuoksi (Petrashevtsev-tapaus).
Linnoituksen pääkatedraalia kutsutaan Pietarin ja Paavalin katedraaliksi. Se rakennettiin vuosina 1712-1733. Ensiksi rakennettiin kellotorni. Rungon ja enkelin kanssa tehdyn kellotapran kokonaiskorkeus on 122,5 metriä. Se on korkein arkkitehtoninen rakenne Pietarin keskustassa.
Venäjän tsaarit Pietarista Suuresta Nikolaukseen II (paitsi Pietari II ja Ivan VI) haudattiin Pietarin ja Paavalin katedraaliin. Viimeisimmät hautausmatot toteutettiin vuonna 1998 ja 2006. Vuonna 1998 Nikolas II: n ja hänen perheensä jäänteet vietiin Pietariin ja haudattiin katedraaliin. Vuonna 2006 ruumisarkku keisarinna Maria Feodorovnan jäännösten kanssa kuljetettiin Tanskasta ja haudattiin Pietarin ja Paavalin katedraaliin, aviomiehensä, keisari Aleksanteri III: n haudan viereen.
1700-luvun lopulla hallitus osti Pietarin rahapajan nykyaikaistamiseksi valssikoneen, höyrykoneen ja muut laitteet brittiläiseltä teollisuuden edustajalta Matthew Boultonilta. Kaikki tämä paransi merkittävästi laatua ja lisäsi lyötyjen kulta- ja hopearahojen määrää.
Nykyään linnoituksessa on Pietarin historian museo. Yli 500 museon näyttelyesinettä, kuten arkeologiset löytöt, kaiverrukset, valokuvat, rakennustarvikkeet, linnoitusrakenteiden mallit, kertoo tarinan tämän ainutlaatuisen historiallisen muistomerkin rakentamisesta, Venäjän tekniikan alkamisesta ja kehityksestä. Itse linnoituksen lisäksi kävijät löytävät täältä astronautiikan ja rakettirakennuksen museon.
Auki:
Katedraali - joka päivä 10:00-18:00
Linnoituksen piha - joka päivä 10:00-20:00
Kaudella 01.10 - 30.04 museo on suljettu keskiviikkoisin.
Aikataulu voi muuttua ilman ennakkoilmoitusta.