Izborskin kylä oli ensiksi mainittu aikakirjoissa v. 682. Aikakirjojen mukaan Varjagin ritarit - Rurik, Sineus ja Truvor tulivat Venäjälle hallitsemaan. Truvor perustin Izborskin asutuksen. 8. vuosisadalla se alkoi kehittyä itsenäisenä kaupunkina ja sitä pidetään vanhempana kuin Pskov. Ensiksi kaupunkia nimitettiin Slovenskiksi Slovenin kunniaksi, joka oli kaupungin hallitsija, muutaman vuoden jälkeen sitä nimitettiin Izborin kunniaksi, joka oli Slovenin poika.
Vuonna 1233 Livonian ritarit anastivat Izborskin. Pskovin sotaväki meni vapauttamaan Izborskin. Vuonna 1240 ritarit tulivat vielä kerran ja vain v. 1242 ruhtinas Aleksandr Nevskii murskasi ritareita Peipsi-järvellä.
Vuonna 1302 linna oli siirretty toiseen paikkaan, jonka nimi oli Juravaya vuori. Uudessa linnassa oli vain yksi kivitorni. Myöhemmin 14. vuosisadalla kivilinna rakennettiin Izborskissa. Toita ensimmäisiä muuria nyt käytetään nykyisen linnan fundamenttina. Myös Pyhä Nikolain katedraali rakennettiin 14. vuosisadalla.
15. vuosisadalla linna jälleenrakennettiin ampuma-aseiden kehityksen vuoksi. Jälleen rakennettiin muuria ja lisätiin uusia torneja. Nykyään voidaan havainnoida tuon uusinnan merkkejä.
Kun Pskov liittyi Moskovan valtioon, Izborskin linna puolusti valtion rajoja.
Mutta Suuren Pohjan Sodan jälkeen linna hävisi sen sotilaallisen merkityksen, koska rajat siirrettiin länteen. Linna tuli tavalliseksi provinssikapungiksi.
Vuosina 1920-1940 Izborsk oli Viron osa ja sen nimi oli Irboska. Toisen maailmansodan jälkeen se tuli Neuvostoliiton osaksi Pihkovan alueella.
